奧林巴斯顯微鏡的照明系統是較為特別的，它通常借助于照明架和照明器座來被固定在載物臺上方，同時照明器座在照明架上的位置更隨著所使用的聚光鏡類型而有所不同。照明器座上一般都帶有濾片槽，用于相差觀察的相環槽以及一個光闌，而且它的上面更可以安裝照明器，下面也可以安裝長工作距離聚光鏡。通常倒置顯微鏡所使用的照明器為6V/15W簡式照明器和12V/50W燈室，后者更能產生更強的照明光。同時兩種照明器都帶有調中螺旋，可以輕松進行燈的調中。普通的倒置顯微鏡一般使用的一種透射光照明器，而較為的倒置顯微鏡更配備了落射光照明

一般將其照明器安裝在鏡臺的后側方，照明光線可通過物鏡由下方落射到標本上，使用者更可借助標本的反射光來觀察物體的表面結構及立體形狀，所以可以說其更適于觀察活體微生物及懸浮細胞，同樣也適用于觀察巖石、礦物、晶體標本及金屬材料和部件的表面等。

初次使用者事先要經過培訓。
奧林巴斯顯微鏡可作為明視場顯微鏡使用，也可作為熒光顯微鏡使用，根據需要，做相應的附件連接，開啟相應的電源。禁止亂調設置，以免影響他人正常使作為明視場顯微鏡使用；
A、接通電源后，打開顯微鏡底座前的電源開關，按光亮需要調節底座右側的滑竿。
B、根據需要，調節底座光柵和聚光器光柵及其高度，可獲得*的圖象效果。
C、需要圖片，要把鏡體上的相應拉桿拉到綠線位子。按下相應附件上的照相按扭。
奧林巴斯顯微鏡作為熒光顯微鏡使用；
先關閉熒光通道，再打開熒光激發器電源，等待15分鐘。
等待期間，打開奧林巴斯顯微鏡光源，找到需要觀察的樣品，選用合適的物鏡，調整焦距。
關閉顯微鏡光源，打開熒光通道。
需要圖片，要把鏡體上的相應拉桿拉到綠線位子。按下相應附件上的照相按扭。